Theo quy định mới này, đối với công trình vi phạm trật tự xây dựng nhưng chưa thực hiện tháo dỡ, cơ quan chức năng xem xét hủy quyết định cưỡng chế phá dỡ. Sau đó, cấp thẩm quyền phạt mức 40% đối với nhà ở riêng lẻ, với công trình thuộc dự án đầu tư xây dựng phạt 50% giá trị công trình sai phép, không phép. Với trường hợp theo quy định phải có giấy phép xây dựng, cơ quan cấp giấy phép xây dựng điều chỉnh hoặc cấp giấy phép sau khi chủ đầu tư chấp hành đầy đủ quyết định xử phạt vi phạm hành chính.

Quyết định cho công trình sai phép được nộp phạt ngay khi được công báo đã gây xôn xao dư luận với nhiều ý kiến phản đối cho rằng xử phạt như vậy sẽ gây tác động nguy hại cho trật tự xây dựng cũng như trật tự xã hội. Thông tư 02 quá nghiêng về những kẻ lắm tiền đã coi thường luật lệ “cố tình làm sai rồi chấp nhận chịu phạt. Nay lại cho phép nộp phạt để xóa án cho công trình vi phạm khác nào việc “chạy án bị cưỡng chế”? Trong thực tế, việc hợp pháp hóa những công trình sai phép như thế sẽ giúp chủ đầu tư thu lợi lớn trong khi mức phạt lại không đáng kể, và nhiều chủ đầu tư sẽ cố tình xây dựng sai giấy phép để được... nộp phạt.

Thời gian qua có không ít trường hợp các công trình xây dựng sai phép, không phép (không chỉ nhà ở riêng lẻ mà cả những cao ốc văn phòng, chung cư cao tầng). Tuy nhiên, việc xử lý không nhất quán đã gây những luồng dư luận trái ngược, một bên đề nghị kỷ cương phép nước phải được tôn trọng tối đa; một bên cho rằng không nên đập bỏ một cách lãng phí. Thành phố Hà Nội cũng đã thể hiện quyết tâm phá nhà sai phép và xử lý một số trường hợp cụ thể như “cắt ngọn” công trình 17 tầng số 9 Đào Duy Anh ở quận Đống Đa hay tòa nhà chung cư ở phố Nguyễn Chí Thanh cũng bị hạ bớt số tầng đã xây vượt. Gần đây, do những khiếm khuyết trong công tác quy hoạch nên ở các tuyến phố mới Kim Liên - Ô Chợ Dừa, Xã Đàn - Hoàng Cầu..., có hiện trạng các công trình không tuân theo một nguyên tắc nào, mạnh ai nấy xây nên nhà xây dựng hai bên đường thò thụt, lô nhô, chưa kể những ngôi nhà “siêu mỏng, siêu méo” mất mỹ quan. Thực trạng vi phạm trật tự xây dựng đã vậy, lại thêm cái Thông tư 02 của Bộ Xây dựng  mà nếu cứ tuân theo Thông tư này thì các con đường “đắt nhất hành tinh” và kiến trúc tổng thể, kiến trúc không gian đô thị của Thủ đô sẽ bị phá vỡ, biến dạng…

Điều đáng nói là dù chính quyền phường phát hiện công trình sai phép, lập biên bản xử phạt, thậm chí đình chỉ thi công nhưng vẫn có những công trình ngang nhiên thi công tiếp như chẳng có gì xảy ra hoặc sau đó thay vì bị cưỡng chế thì lại được hướng dẫn xin cấp phép bổ sung! Chính vì thế, dư luận cho rằng việc Bộ Xây dựng mở đường cho hợp thức hóa những sai phạm trong lĩnh vực xây dựng là “vẽ đường cho hươu chạy”?! Việc cho phép dùng tiền “chuộc” các công trình sai phạm để khỏi bị cưỡng chế phá dỡ của Bộ Xây dựng không thể giải quyết triệt để vấn đề mà khiến tình hình rối thêm sẽ dẫn đến kiến trúc tổng thể của đô thị thêm xấu xí, tệ hại, tạo tiền lệ xấu cho các công trình trong nội đô.

Việc cho phép nộp phạt để những công trình xây dựng trái phép được tồn tại, được nhận định là biện pháp tình thế trong hoàn cảnh bất lực của cơ quan quản lý… “Phạt để cho tồn tại, vậy Luật để làm gì?”, TS. Phạm Sỹ Liêm - Phó Tổng hội Xây dựng Việt Nam, nguyên Thứ trưởng Thường trực Bộ Xây dựng, đặt vấn đề. Theo TS Phạm Sĩ Liêm, việc ra Thông tư cho phép nộp phạt để những công trình trái phép được tồn tại, là biện pháp trong hoàn cảnh bất lực của cơ quan quản lý.