Trường hợp phát hiện gian lận về căn cứ tính thuế thì cơ quan thuế truy thu và xử phạt theo quy định.

Bộ Tài chính cũng nêu ra các trường hợp cụ thể về cách áp dụng thuế suất khi chuyển nhượng bất động sản. Theo đó, với bất động sản được mua, hình thành trước ngày 1-1-2009 không có hóa đơn chứng từ hoặc chỉ có giấy viết tay, nay chuyển nhượng thì áp dụng thuế suất 2% trên giá chuyển nhượng vì không có cơ sở để xác định giá vốn và các chi phí liên quan. Tương tự, cũng áp dụng thuế suất 2% trên giá chuyển nhượng với trường hợp mua bán bất động sản có hợp đồng công chứng nhưng không xác định được giá vốn và chi phí liên quan.