Tuy nhiên, nhược điểm của chung cư mi ni là quyền lợi của người sử dụng và giấy tờ pháp lý thường không rõ ràng. Hầu hết các chung cư mi ni hiện nay được mua, bán theo hình thức hai bên làm hợp đồng, kèm theo bản sao giấy chứng nhận quyền sử dụng đất chung của thửa đất, mà không thể cấp "sổ đỏ" cho từng căn hộ như các dự án nhà ở khác. Chưa kể, khi thi công, chủ đầu tư tự ý thay đổi thiết kế, tăng số tầng, vi phạm về trật tự xây dựng. Do đó, người sử dụng muốn sang nhượng lại căn hộ cũng rất khó và thường phải chịu lỗ kha khá. Trong quá trình sử dụng, chủ đầu tư cũng ít quan tâm duy tu, bảo trì, nên khi có hạng mục xuống cấp, hư hỏng, phần lớn người dân phải tự bỏ tiền túi để sửa chữa.

Ở góc độ quản lý, chung cư mi ni là cách gọi dân gian, còn thực tế các công trình được cấp phép là nhà ở riêng lẻ, sau đó chủ đầu tư tự chia tách căn hộ để bán. Vì vậy, những chung cư biến tướng này còn gây ra quá tải hạ tầng kỹ thuật cho khu vực. Sở dĩ có tình trạng này, trước hết là do chủ đầu tư không tuân thủ đúng yêu cầu pháp lý khi xây dựng. Song bên cạnh đó, quy định về cấp "sổ đỏ" cho chung cư mi ni cũng thiếu rõ ràng và công tác quản lý, giám sát của chính quyền địa phương chưa nghiêm. Do đó, trước khi quyết định mua căn hộ tại chung cư mi ni, cần cẩn trọng, tìm hiểu kỹ dự án, không nên quá tin vào lời quảng cáo trên mạng.