II. Nơi nộp hồ sơ:

- Tại Sở Xây dựng: đối với những công trình xây dựng cấp đặc biệt, cấp 1, công trình tôn giáo, di tích lịch sử, miếu đình, tượng đài, quảng cáo, tranh hoành tráng, công trình trên các tuyến, trục đường chính TP do UBND TP qui định.

- Tại UBND quận, huyện: nhà ở riêng lẻ của người dân và các công trình xây dựng khác thuộc địa giới hành chính quận, huyện. - - Ban quản lý đầu tư và xây dựng các khu đô thị mới, khu công nghiệp, chế xuất, khu công nghệ cao: tất cả trường hợp xây dựng mới, công trình xây dựng tạm, sửa chữa cải tạo mà theo qui định phải xin giấy phép xây dựng trên phạm vi ranh giới khu đô thị, chế xuất, công nghiệp đó.

- UBND xã: nhà ở riêng lẻ ở điểm khu dân cư nông thôn đã có qui hoạch xây dựng thuộc địa giới hành chính xã.

III. Như vậy trong quá trình xây dựng nếu đã không xây dựng theo đúng giấy phép đã được cấp. Bản vẽ hiện trạng hoàn công không khớp với Giấy phép đã được cấp.
Trường hợp này cần liên hệ với Thanh tra Xây dựng quận - huyện nơi căn nhà tọa lạc để được giải quyết trước khi liên hệ cơ quan cấp giấy chứng nhận sở hữu công trình.

Theo quy định tại khoản 3, Điều 4, Thông tư số 24/2009/TT-BXD ngày 22/7/2009 của Bộ Xây dựng Không xử phạt xây dựng sai nội dung Giấy phép xây dựng đối với nhà ở riêng lẻ thuộc một trong những trường hợp sau:
a) Xây dựng sai vị trí hoặc thay đổi diện tích đã ghi trong giấy phép  đối với những nơi chưa có quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 hoặc thiết kế đô thị đã được phê duyệt nhưng nằm trong diện tích đất thuộc quyền sử dụng hợp pháp của chủ nhà, không gây khiếu kiện, không lấn chiếm chỉ giới đường đỏ hoặc chỉ giới xây dựng, không vi phạm quy định tại điểm a khoản 2 Điều 3 Quyết định số 39/2005/QĐ-TTg ngày 28 tháng 02 năm 2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc hướng dẫn thi hành Điều 121 của Luật Xây dựng;

b) Thay đổi kiến trúc bên trong công trình xây dựng mà không ảnh hưởng đến kết cấu chịu lực chính;

c) Giảm số tầng so với giấy phép xây dựng đối với những nơi chưa có quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 hoặc thiết kế đô thị đã được phê duyệt.